Los mejores software de facturación en 2025 (actualizado)

Encontrar el mejor software de facturación en 2025 puede marcar una gran diferencia en el día a día de cualquier autónomo, pequeña empresa o asesoría.

La digitalización y la automatización contable han avanzado a pasos agigantados, y lo que antes era una simple herramienta para emitir facturas, ahora se ha convertido en un sistema integral que abarca desde la generación de presupuestos hasta la presentación de impuestos en tiempo real.

En este artículo, te guiaré a través de los programas más destacados del mercado, analizando sus ventajas, desventajas, funcionalidades clave y qué tipo de usuario puede beneficiarse más de cada uno.

¿Por qué es importante elegir bien un software de facturación?

La facturación ya no es simplemente emitir una factura en PDF. Hoy, un buen software debe permitirte controlar cobros y pagos, conectar con tu banco, generar informes, presentar modelos fiscales e incluso comunicarse con tu asesoría.

Si eliges una herramienta adecuada, no solo estarás cumpliendo con tus obligaciones legales, sino que ganarás tiempo, reducirás errores y mejorarás la salud financiera de tu negocio.

Además, con la introducción de la factura electrónica obligatoria y el sistema VERI*FACTU, es crucial contar con una solución que garantice el cumplimiento normativo. No todas las herramientas del mercado están actualizadas ni homologadas por la Agencia Tributaria, así que este es uno de los primeros filtros que deberías aplicar.

Comparativa de los mejores software de facturación en 2025

A continuación te presento un análisis detallado de los programas de facturación más recomendados actualmente, basándome en experiencia profesional, valoración de usuarios y cumplimiento legal.

Anfix

Anfix es uno de los software más completos y populares entre autónomos, PYMEs y asesorías. Está 100% en la nube y homologado por la AEAT y las principales agencias tributarias autonómicas, lo que garantiza cumplimiento total con la normativa vigente.

Ventajas principales:

• automatización contable avanzada (asientos predefinidos, escaneo de tickets con IA),
• conectividad bancaria,
• generación automática de modelos fiscales (IVA, IRPF, sociedades),
• y acceso multiusuario que permite colaboración con tu asesor.
• También destaca su app móvil, útil para digitalizar tickets y gestionar facturas desde cualquier lugar.
• El soporte técnico es uno de los mejores valorados del mercado.

Desventajas: no es ideal si buscas un ERP con funciones de producción, inventario complejo o reporting a medida.

Ideal para: autónomos, pequeñas empresas y despachos que buscan agilidad, legalidad y automatización sin complicaciones técnicas. Puedes consultar esta comparativa entre Anfix y Holded para decidir con más criterio.

Quipu

Quipu se ha ganado su lugar por ser un programa intuitivo y centrado en la emisión de facturas, control de gastos e ingresos. 

Ventajas: interfaz sencilla, personalización de facturas, seguimiento de cobros y vencimientos, y app móvil bastante útil.

Inconvenientes: funcionalidades contables más limitadas si se compara con otros como Anfix. No es el más adecuado si tienes necesidades contables más complejas.

Ideal para: autónomos y microempresas que buscan una herramienta simple pero funcional.

Holded

Holded es un software de facturación en la nube con módulos opcionales de CRM, proyectos, inventario, contabilidad, etc. Perfecto para grandes empresas que quieren centralizar su gestión.

Ventajas: diseño moderno, alta personalización, múltiples módulos integrados y buena escalabilidad.

Desventajas: puede resultar excesivo o abrumador para quienes solo necesitan emitir facturas o gestionar su contabilidad. La curva de aprendizaje también es mayor.

Ideal para: grandes empresas con proyección de crecimiento que quieren gestionar todo desde una única plataforma.

FacturaDirecta

Muy centrado en la facturación, ofrece lo básico con una interfaz limpia y fácil de usar. No incluye contabilidad como tal.

Ventajas: simplicidad, rapidez de uso, soporte técnico.

Inconvenientes: falta de funciones contables. Si necesitas llevar libros oficiales, no es suficiente.

Ideal para: profesionales independientes o pequeños negocios que solo necesitan facturar y poco más.

Sage 50cloud

Un clásico del software contable, con versión conectada a la nube. Aporta robustez y seguridad, aunque su orientación sigue siendo más “tradicional”.

Ventajas: funcionalidades potentes para contabilidad, buen soporte para asesorías, informes avanzados.

Desventajas: curva de aprendizaje algo elevada, entorno menos intuitivo que otros más modernos, y precios más altos.

Ideal para: empresas establecidas con procesos complejos o que ya han trabajado con software contable tradicional.

Aspectos clave a tener en cuenta al elegir tu software de facturación

Antes de decidirte por uno u otro programa, te recomiendo que evalúes estos factores:

• Facilidad de uso: si no tienes conocimientos contables, es crucial que el programa sea intuitivo.
• Cumplimiento legal: asegúrate de que cumpla con VERI*FACTU y que esté homologado por la Agencia Tributaria. Puedes leer más sobre VERI*FACTU aquí.
• Automatización: escaneo de tickets, conciliación bancaria, generación de modelos... todo esto ahorra muchas horas.
• Colaboración con asesorías: si trabajas con gestor, es ideal que él también pueda acceder y operar contigo en tiempo real.
• Movilidad: valora si incluye app móvil o acceso web desde cualquier dispositivo.
• Precio: compara precios, pero no te dejes llevar solo por el más barato. Lo importante es el valor que te aporta.

¿Qué software elegir según tu perfil?

Cada usuario tiene unas necesidades distintas. Aquí te doy algunas recomendaciones rápidas:

• Autónomos con poco volumen: Quipu, FacturaDirecta.
• Autónomos que también necesitan presentar impuestos: Anfix, Holded.
• Pequeñas empresas con cierta complejidad: Anfix, Holded, Sage 50cloud.
• Asesorías y gestorías: Anfix, Sage Despachos.
• Negocios en crecimiento: Anfix, Holded.

Elegir el mejor software de facturación en 2025 no es una decisión trivial. Afecta directamente a tu productividad, al control financiero de tu negocio y al cumplimiento de tus obligaciones fiscales.

Las opciones del mercado han evolucionado muchísimo y ya no hay excusa para seguir usando Excel o plantillas manuales. Con soluciones como Anfix puedes gestionar tu facturación de forma legal, automática y desde cualquier lugar. Además, puedes probarlo gratis durante 15 días. 

Mi recomendación es que priorices el cumplimiento legal y la automatización. La facilidad de uso y el soporte también son claves, sobre todo si no tienes formación contable.

Evalúa tus necesidades actuales y futuras, y no tengas miedo de probar varios software antes de decidirte: la mayoría ofrecen versiones gratuitas o pruebas sin coste. 

Preguntas frecuentes

¿Cuál es el software de facturación más fácil de usar?

Anfix, Quipu y FacturaDirecta destacan por su sencillez. Son ideales para quienes no tienen conocimientos contables y solo necesitan emitir facturas y controlar ingresos y gastos.

¿Qué programa cumple con VERI*FACTU?

Anfix es uno de los que mejor se adapta al sistema VERI*FACTU, ya que está homologado por la Agencia Tributaria y permite conexión en tiempo real para el envío de facturas.

¿Puedo usar estos programas desde el móvil?

Sí. Tanto Anfix como Holded, Quipu y otros incluyen aplicaciones móviles para gestionar tu facturación estés donde estés.

¿Cuál es el mejor para trabajar con una asesoría?

Anfix y Sage están especialmente orientados a la colaboración con asesorías, permitiendo acceso multiusuario y gestión conjunta.

¿Hay versiones gratuitas?

Algunos como Anfix ofrecen pruebas gratuitas de 15 días. No suelen ser gratuitas de forma indefinida, pero te permiten valorar si se ajustan a lo que necesitas.

¿Se puede presentar el IVA desde estos programas?

Sí. Programas como Anfix y Holded permiten generar y presentar modelos fiscales como el 303 (IVA), 130 (IRPF) o 200 (Sociedades).

¿Qué pasa si tengo más de un negocio?

La mayoría permiten gestionar múltiples empresas o actividades desde una misma cuenta. Anfix lo hace de forma muy eficiente.

¿Necesito ser contable para usarlos?

No. Están pensados para que cualquier persona pueda utilizarlos. Aunque si tienes conocimientos contables, podrás sacarles aún más partido.

¿Cuánto cuesta un software de facturación?

Depende. Los precios suelen oscilar según funcionalidades, número de usuarios y si incluye contabilidad, impuestos, etc.

¿Se puede integrar con mi banco?

Sí. Casi todos los programas mencionados permiten conectarse con tu banco para realizar conciliaciones automáticas y controlar mejor los cobros y pagos.